Cửa khẩu quốc tế Bờ Y nằm ở ngã ba Đông Dương là điểm nhấn trong chiến lược liên kết nhằm tạo cơ hội hợp tác, phát triển  giữa các nước ASEAN và tiểu vùng sông Mê Kông, là trung tâm trong Tam giác phát triển ba nước Việt Nam - Lào - Campuchia, gắn kết với hành lang kinh tế Đông - Tây của khu vực, có vai trò là đầu mối giao lưu kinh tế quan trọng góp phần thúc đẩy phát triển kinh tế xã hội của Tây Nguyên và trong khu vực.  

Cửa khẩu quốc tế Bờ Y có vị trí rất đặc biệt, đây là con đường ngắn nhất, thuận lợi nhất nối các tỉnh Tây Nguyên, Duyên Hải Miền Trung, Đông Nam Bộ với các tỉnh Đông Bắc Thái Lan, Đông Bắc Campuchia, Nam Lào. Nhu cầu hợp tác kinh tế, khai thác tiềm năng khu vực 4 tỉnh nam Lào ngày càng tăng, nhất là khai thác tiềm năng vùng cao nguyên Bô Lô Ven để trồng, sản xuất, kinh doanh, xuất nhập khẩu cao su, cà phê và các loại lâm thổ sản khác. Do năng lực sản xuất trong nước còn thấp nên nước bạn Lào có nhu cầu cao về nhập khẩu hàng tiêu dùng, lương thực, thực phẩm, máy móc thiết bị của nước ta và của các nước trong khu vực qua Cửa khẩu quốc tế Bờ Y  từ các cảng biển miền Trung (Việt Nam) sang Lào, Đông Bắc Thái Lan, Campuchia... là rất lớn.

Các hoạt động xuất nhập khẩu, xuất nhập cảnh, quá cảnh qua Cửa khẩu quốc tế Bờ Y ngày càng tăng, đặc biệt là sau khi quốc lộ 18B nối Cửa khẩu quốc tế Bờ Y và Cửa khẩu Phu Cưa với tỉnh Attapư của Lào đi vào khai thác sử dụng. Nhìn con số xuất nhập cảnh, xuất nhập khẩu qua Cửa khẩu quốc tế Bờ Y trong 5 năm, giai đoạn 2011-2015 so với 5 năm giai đoạn 2006-2010 mới thấy được sự phát triển vượt bậc, là một minh chứng về tình hữu nghị đặc biệt của 2 nước Việt Nam – Lào. Nếu như lượng khách xuất nhập cảnh giai đoạn 2006-2010 chỉ đạt 451.923 lượt thì giai đoạn 2011-2015 là 2.340.570 lượt (vượt 518%). Tương tự ở hai giai đoạn, phương tiện xuất nhập cảnh từ 87.957 lượt tăng lên 208.184 lượt (vượt 137%). Đặc biệt giá trị kim ngạch xuất nhập khẩu từ hơn 150 triệu USD tăng lên gần 1 tỷ USD; tổng thu ngân sách từ 275,573 tỷ đồng tăng lên 1.072,273 tỷ đồng.

Đạt được kết quả trên là nhờ sự nỗ lực của các ngành chức năng công tác tại Cửa khẩu quốc tế Bờ Y và Phu Cưa. Tại Cửa khẩu quốc tế Bờ Y, các ngành chức năng như Biên phòng, Hải quan, Kiểm dịch động thực vật, Y tế ...  đã tích cực cải cách thủ tục hành chính, tạo mọi điều kiện thuận lợi nhất để thông quan hàng hoá, phương tiện và người qua lại cửa khẩu.

Để hiện thực hoá Thoả thuận Hà Nội năm 2007 (là Thoả thuận đã ký giữa Chính phủ nước CHXHCN Việt Nam và Chính phủ nước CHDCND Lào vào ngày 14 tháng 9 năm 2007 về việc tạo điều kiện thuận lợi cho người, phương tiện, hàng hóa qua lại biên giới nhằm đẩy mạnh hơn nữa việc khuyến khích phát triển hợp tác đầu tư, thương mại giữa hai nước). Tại điểm 6.5, Mục 6 về nội dung: “Hai bên nhất trí thực hiện giờ làm việc tại các trạm cửa khẩu biên giới Việt Nam và trạm của khẩu biên giới Lào hàng ngày liên tục từ 07giờ 00 phút đến 19 giờ 30 phút, kể cả  ngày lễ và ngày nghỉ cuối tuần. Ngoài ra, sẽ giải quyết các trường hợp đặc biệt qua lại biên giới vào bất cứ giờ nào. Hai bên thông báo mức thu phí ngoài giờ làm việc, ngày lễ, ngày nghỉ cuối tuần và niêm yết công khai, thống nhất tại các cửa khẩu”.

Trong thời gian qua, giờ làm việc của hai cửa khẩu chưa được thống nhất nên việc thông quan hàng hoá xuất nhập khẩu vào ngày thứ bảy, chủ nhật, lễ, tết vẫn còn có những trở ngại nhất định. Phía Việt Nam, các ngành chức năng làm việc liên tục các ngày trong tuần (kể cả ngày lễ, thứ bảy và chủ nhật) còn lực lượng Hải quan Cửa khẩu Phu Cưa không làm thủ tục thông quan cho hàng hóa xuất nhập khẩu vào ngày thứ bảy, chủ nhật của các Công ty (lý do Cục Hải quan trực thuộc Bộ Tài chính Lào nghỉ thứ bảy, chủ nhật, theo quy định của ngành. Hải quan tại cửa khẩu làm việc phải báo cáo số liệu với Cục Hải quan hàng ngày). Hai bên đã trao đổi và đạt được thoả thuận là thống nhất kể từ ngày 20/11/2015 các ngành chức năng của cửa khẩu hai bên sẽ làm việc liên tục từ 07giờ 00 phút đến 19 giờ 30 phút, kể cả  ngày lễ và ngày nghỉ thứ bảy, chủ nhật (đặc biệt ngành Hải quan Cửa khẩu Phu Cưa giải quyết thủ tục thông quan cho tất cả các loại hàng hóa của các tổ chức, cá nhân qua lại cửa khẩu khi đầy đủ thủ tục).

Ngoài ra, sẽ giải quyết các trường hợp đặc biệt qua lại biên giới vào bất cứ giờ nào. Hai bên thông báo mức thu phí ngoài giờ làm việc, ngày lễ, ngày nghỉ cuối tuần và niêm yết công khai, thống nhất tại các cửa khẩu. Đồng thời trong khuôn khổ Hội nghị CLV tại tỉnh Chăm-Pa-Sắc (Lào) từ ngày 07-12/12/2015 vừa qua, Đoàn đại biểu tỉnh Kon Tum đã có đề nghị bộ, ngành Trung ương Lào cho phép thực hiện làm việc thông quan vào thứ bảy và chủ nhật để doanh nghiệp hai nước thuận lợi trong việc xuất nhập khẩu hàng hoá. Hai bên thống nhất cao với chủ trương xây dựng giải quyết thủ tục hành chính cho người, phương tiện và hàng hóa qua cửa khẩu theo mô hình kiểm tra “Một cửa, một lần dừng” tại Cửa khẩu Bờ Y (Việt Nam) và Cửa khẩu Phu Cưa (Lào).

Song song với các giải pháp về thủ tục tại Cửa khẩu quốc tế Bờ Y và Cửa khẩu Phu Cưa, từ 1999-2015, ngân sách nhà nước đầu tư trên 1.700 tỷ đồng để xây dựng hạ tầng cơ sở thiết yếu tại Khu kinh tế Cửa khẩu quốc tế Bờ Y, góp phần thúc đẩy và phát triển kinh tế-xã hội trên địa bàn, ổn định, nâng cao chất lượng đời sống dân cư trong khu vực biên giới; tình hình an ninh chính trị trên địa bàn luôn được giữ vững. Tuy nhiên, về hoạt động thương mại tại khu vực cửa khẩu vẫn còn nhiều hạn chế, Ban Quản lý Khu kinh tế tỉnh Kon Tum đang nỗ lực kêu gọi các nhà đầu tư phát triển thương mại tại khu kinh tế Cửa khẩu quốc tế Bờ Y, hiện đã có một số nhà đầu tư xây dựng các dự án như khu thương mại miễn thuế, kho ngoại quan, ...

Để đảm bảo điều kiện thuận lợi cho sự phát triển bền vững của Khu kinh tế Cửa khẩu quốc tế Bờ Y, các ngành chức năng quan tâm triển khai phiên chợ biên giới theo định kỳ để nhân dân và các doanh nghiệp hai nước có cơ hội giới thiệu, giao thương hàng hoá và có cơ chế đặc thù để đầu tư hạ tầng, phát triển thương mại Khu kinh tế Cửa khẩu quốc tế Bờ Y, góp phần thúc đẩy phát triển kinh tế-xã hội các tỉnh Tây Nguyên và duyên hải miền Trung.